O especial do anime celebra o 20º aniversário do mangá original de Gosho Aoyama, e conta uma história inédita do passado de Conan.
Conan, Ran e Ai visitam um banho público, onde Conan escorrega, perde a consciência e é sequestrado por duas figuras sombrias chamadas Tatsu e Kondou. Ele acorda preso e sofrendo de perda de memória, incapaz de usar suas habilidades de detetive. Enquanto isso, os adultos - Mouri Kogoro, Ran e outros - começam sua busca, juntando pistas enquanto tramas criminosas sinistras convergem em torno do desaparecimento de Conan. O mistério se agrava em torno de uma ameaça de bomba iminente, levando a um drama de alto risco para resgatá-lo.